Komisja Europejska przekazuje środki finansowe z Funduszu Spójności oddzielnie na realizację każdego projektu w trzech formach:

• zaliczki (20% udziału Wspólnoty) po akceptacji projektów przedstawionych przez stronę polską (przy warunku wymienionym w art. D załącznika II do rozporządzenia Rady (WE) 1164/94, tzn. po podpisaniu kontraktów o wartości 20% kosztów kwalifikowanych projektu);
  
  
• płatności pośrednich (nie później niż po 2 miesiącach od daty otrzymania akceptowalnego wniosku o płatność); 
  
  
• płatności końcowej (po realizacji całego projektu, dokonaniu certyfikacji wszystkich wydatków kwalifikowanych przez Instytucję Płatniczą, przyjęciu raportu końcowego przez Komisję Europejską).