Finansowanie przedsięwzięć z Funduszu Spójności opiera się na zasadzie współfinansowania. Zasadniczo środki na współfinansowanie powinny być zapewnione w budżecie podmiotu odpowiedzialnego za realizację. Jednocześnie na współfinansowanie przeznaczane są środki budżetu państwa. Dodatkowo, na współfinansowanie projektów realizowanych z udziałem środków pochodzących z Unii Europejskiej, w budżecie państwa mogą być tworzone rezerwy celowe (sektor transportu).

Współfinansowanie może pochodzić z następujących źródeł:

• środki publiczne w tym np.:
  • budżet centralny;
  • budżet administracji samorządowej;
  • nadwyżka finansowa przedsiębiorstwa komunalnego;
  • pożyczki/kredyty pozyskane z np.:
    • Narodowego Funduszu Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej lub wojewódzkich funduszy ochrony środowiska i gospodarki wodnej;
    • Międzynarodowych Instytucji Finansowych (Europejskiego Banku Inwestycyjnego, Europejskiego Banku Odbudowy i Rozwoju);
  • Krajowy Fundusz Drogowy;
• środki prywatne (partnerstwo publiczno-prywatne);
• inne np. pożyczki/kredyty z banków komercyjnych.