Projekty współfinansowane z ISPA w sektorze transportu w latach 2000-2003 wybierane były w oparciu o Narodową Strategię dla Sektora Transportu. Priorytetowe obszary wsparcia z ochrony środowiska określone zostały natomiast w Strategii Wykorzystania ISPA jako Instrumentu Realizacji Polityki Ekologicznej Państwa. Rok 2003 był ostatnim rokiem zgłaszania projektów do funduszu ISPA tzw. programowania. Obecnie projekty mogą być przygotowywane do współfinansowania w ramach Funduszu Spójności, który wszedł w życie 1 maja 2004 r.

Projekty ISPA z podziałem na sektory w latach 2000-2003:

Sektor	Liczba projektów	Koszty całkowite (euro)	Dofinansowanie ISPA (euro)
Sektor transportu	24	1 890 796 519	1 300 474 927
Sektor środowiska	45	2 194 338 267	1 285 191 045
Pomoc horyzontalna	1	1 630 000	1 630 000
Razem	70	4 086 764 786	2 587 295 972

W latach 2000 – 2003 Komisja Europejska zaakceptowała wsparcie 69 projektów z zakresu ochrony środowiska i transportu. Łączny udział dofinansowania z funduszu ISPA dla tych przedsięwzięć wyniósł ponad 2 miliardy euro, z czego w okresie 2000-2003 wsparcie z ISPA stanowiło około 1,5 miliarda euro.

Sektor środowiska
W latach 2000-2003 Komisja Europejska zatwierdziła 45 projektów ISPA (43 projekty inwestycyjne i 2 projekty pomocy technicznej na przygotowanie wniosków o dofinansowanie), dla których koszt kwalifikowany wynosi łącznie 2,068 mln euro (w tym maksymalne dofinansowanie z funduszu ISPA wynosi 1,285 mln euro).

Projekty w tej dziedzinie są realizowane na terenie całego kraju. W niektórych miastach takich jak Wrocław, Kraków czy Łódź wdrażane są równocześnie dwa projekty. Największym przedsięwzięciem jest inwestycja Poprawa jakości wody pitnej w Szczecinie, której koszt całkowity wynosi 292,2 mln euro, w tym dofinansowanie z funduszu ISPA stanowi 190,08 mln euro. Budowa dwóch nowych oczyszczalni ścieków i unowocześnienie już istniejącej  przyczyni się do poprawy jakości wody pitnej dla mieszkańców oraz czystości wód morza Bałtyckiego.

Spośród wszystkich projektów inwestycyjnych dotyczących ochrony środowiska, zatwierdzonych przez Komisję Europejską do końca 2003 roku, 36 stanowią inwestycje związane z gospodarką wodno-ściekową. Miejscem ich realizacji są zarówno duże miasta, produkujące najwięcej ścieków w Polsce – Warszawa, Łódź, Kraków, Poznań, Wrocław, Toruń, Bydgoszcz czy Katowice – jak i mniejsze ośrodki miejskie, np. Olsztyn, Suwałki, Brzeg, Bolesławiec, Przemyśl, Żywiec, Grudziądz, Rzeszów, Nowy Targ, Kędzierzyn Koźle. Ośrodki takie jak choćby Wrocław, Opole czy Białystok dzięki wsparciu z ISPA zostaną wyposażone również w nowe bądź zmodernizowane systemy uzdatniania wody pitnej. Realizowane są także inwestycje związane z gospodarką odpadami (Gdynia, Kraków, Wrocław, Łódź, Radom i Kalisz).

Sektor transportu
W latach 2000-2003 Komisja Europejska zatwierdziła 24 projekty (16 projektów inwestycyjnych i 8 projektów na pomoc techniczną) o kosztach kwalifikowanych w wysokości 1,734 mln euro (w tym maksymalne dofinansowanie ISPA wynosi 1,300 mln euro).

Realizacja projektów w sektorze transportu służy integracji infrastruktury transportowej krajów kandydujących z Sieciami Trans-europejskimi (TENs) Unii Europejskiej. Wdrażane projekty ISPA zlokalizowane są na szlakach komunikacyjnych o międzynarodowym znaczeniu, które po przystąpieniu do Unii Europejskiej staną się częścią TEN.