Funkcję Instytucji Zarządzającej odpowiedzialnej za ogólną koordynację i zarządzanie  Funduszem Spójności pełni Minister Rozwoju Regionalnego. Realizację zadań Instytucji Zarządzającej dla Funduszu Spójności nadzoruje Podsekretarz Stanu w Ministerstwie Rozwoju Regionalnego. W ramach ministerstwa zadania Instytucji Zarządzającej wypełnia Departament Koordynacji Funduszu Spójności.

W ramach zarządzania i koordynacji Funduszu Spójności Instytucja Zarządzająca jest odpowiedzialna  m.in. za:

• formalne kontakty z Komisją Europejską;
  
  
• przygotowanie wytycznych dla Instytucji Pośredniczących i weryfikacja ich implementacji;
  
  
• koordynację przygotowań „Strategii wykorzystania Funduszu Spójności” i sprawowanie nadzoru nad jej realizacją;
  
  
• zapewnienie równowagi między finansowaniem projektów w sektorze infrastruktury transportowej i w sektorze ochrony środowiska;
  
  
• przekazywanie wniosków o dofinansowania z Funduszu Spójności do Komisji Europejskiej,
  
  
• powołanie i obsługę prac Komitetu  Monitorującego strategię wykorzystania Funduszu Spójności;
  
  
• monitorowanie przedsięwzięć wspófinansowanych z Funduszu Spójności i przekazywanie raportów z realizacji projektów (na Komitet Monitorujący) oraz raportów końcowych;
  
  
• koordynację przygotowania i wdrożenia działań w zakresie informacji i promocji Funduszu Spójności;
  
  
• we współpracy z instytucjami zaangażowanymi we wdrażanie Funduszu Spójności zapewnienie upowszechniania informacji związanej z każdym projektem współfinansowanym z Funduszu Spójności.