Realizację zadań Instytucji Płatniczej dla Funduszu Spójności nadzoruje Podsekretarz Stanu w Ministerstwie Finansów. Za realizację zadań Instytucji Płatniczej odpowiada Ministerstwo Finansów, którego obsługę w tym zakresie zapewnia Departament Instytucji Płatniczej.

Do zadań Instytucji Płatniczej należą m.in.:

• prowadzenie Rachunku Funduszu Spójności (RFS) oraz Rachunku Bieżącego dla Funduszu Spójności (RBFS) dla każdego realizowanego projektu FS;
  
  
• zarządzanie przepływami finansowymi środków Funduszu Spójności z Komisji Europejskiej (KE) na RFS oraz z RFS na RBFS;
  
  
• weryfikacja, przekazanych przez Instytucje Pośredniczące (MŚ/MI), deklaracji wydatków oraz załączonych do nich miesięcznych sprawozdań finansowych z wdrażania projektu;
  
  
• certyfikacja wniosków Instytucji Płatniczej o płatność pośrednią i końcową do KE;
  
  
• wnioskowanie do KE o środki Funduszu Spójności;
  
  
• przekazywanie Komisji Europejskiej prognoz wydatków (harmonogramów);
  
  
• analiza raportów dotyczących postępów w realizacji projektów, przesyłanych do IP;
  
  
• monitorowanie finansowych aspektów procesu realizacji projektu;
  
  
• gromadzenie danych z zakresu monitoringu finansowego, informacji statystycznych i finansowych;
  
  
• nadzór nad funkcjonowaniem i administrowanie bazą danych monitoringu (SIMIK);
  
  
• współpraca z KE w zakresie zadań nałożonych na Instytucję Płatniczą.