Struktura tego poziomu zarządzania Funduszem Spójności jest odmienna w obu sektorach. W sektorze środowiska oprócz Instytucji Pośredniczącej I szczebla w Ministerstwie Środowiska występują także instytucje pośredniczące dwóch innych szczebli, tj. Narodowy Fundusz Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej i wojewódzkie fundusze ochrony środowiska i gospodarki wodnej. W sektorze transportu oprócz Instytucji Pośredniczącej w Ministerstwie Transportu i Budownictwa występują tylko dwa Podmioty odpowiedzialne za realizację.

Instytucje Pośredniczące są odpowiedzialne za zarządzanie finansowe projektami, które uzyskały dofinansowanie ze środków Funduszu Spójności. Wysocy rangą urzędnicy z Ministerstwa Środowiska oraz z Ministerstwa Infrastruktury zostają powołani jako Sektorowi Urzędnicy Zatwierdzający (SUZ) odpowiednio dla sektora środowiska i transportu.

Sektor środowiska

Instytucją Pośredniczącą I szczebla jest Minister Środowiska odpowiedzialny m.in. za: 

• identyfikację projektów do dofinansowania z Funduszu Spójności; 
  
  
• wskazywanie projektów do przygotowania w ramach pomocy technicznej;
  
  
• monitorowanie procesu przygotowania przedsięwzięć do dofinansowania ze środków Funduszu Spójności;
  
  
• weryfikację i zatwierdzanie wniosków o dofinansowanie z Funduszu Spójności wraz z wymaganymi załącznikami przed ich przekazaniem do Instytucji Zarządzającej;
  
  
• prowadzenie polityki informacyjnej dotyczącej Funduszu Spójności we współpracy z Instytucją Zarządzającą; 
  
  
• nadzór nad systemem zarządzania finansowego Funduszem Spójności w ochronie środowiska;
  
  
• weryfikowanie danych dotyczących przedsięwzięć dofinansowanych ze środków Funduszu Spójności wprowadzanych do SIMIK przez NFOŚiGW oraz wprowadzanie danych do SIMIK na poziomie, do którego dostęp ma Minister;
  
  
• kontrola udzielania zamówień publicznych na nabywanie usług, towarów i robót współfinansowanych z Funduszu Spójności;
  
  
• monitorowanie i ocenę przebiegu wdrażania Funduszu Spójności w sektorze środowiska w oparciu o raporty i wizyty sprawdzające na miejscu realizacji projektu.

Instytucja Pośrednicząca II szczebla
Instytucją Pośredniczącą II szczebla jest Narodowy Fundusz Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej (NFOŚiGW). Szczegółowe relacje pomiędzy Ministerstwem Środowiska oraz NFOŚiGW na etapie przygotowania przedsięwzięć zostały określone w „Porozumieniu w sprawie przygotowania przedsięwzięć ochrony środowiska przeznaczonych do dofinansowania ze środków Funduszu Spójności” zawartego pomiędzy Ministrem Środowiska a NFOŚiGW w dniu 4 grudnia 2002 r.

Podział obowiązków w zakresie realizacji przedsięwzięć współfinansowanych z Funduszu Spójności reguluje „Porozumienie w sprawie wdrażania Funduszu Spójności”, które zostało zawarte pomiędzy Ministrem Środowiska a NFOŚiGW w dniu 29 kwietnia 2005 r.

Instytucja Pośrednicząca III szczebla
W drodze porozumienia zawartego w dniu 15 kwietnia 2003 r. NFOŚiGW przekazał część zadań związanych z przygotowaniem przedsięwzięć Funduszu Spójności do wojewódzkich funduszy ochrony środowiska i gospodarki wodnej (WFOŚiGW), które pełnią rolę Instytucji Pośredniczących III szczebla.

Sektor transportu

Instytucją Pośredniczącą jest Minister Transportu i Budownictwa odpowiedzialny m.in. za: 

• wybór projektów, które zostaną zgłoszone do Komisji Europejskiej;
  
  
• prowadzenie polityki informacyjnej dotyczącej Funduszu Spójności we współpracy z Instytucją Zarządzającą; 
  
  
• nadzór nad systemem zarządzania finansowego Funduszem Spójności w sektorze transportu;
  
  
• nadzór nad przetargami na nabywanie usług, towarów i robót współfinansowanych z Funduszu Spójności;
  
  
• pełnienie funkcji podmiotu prowadzącego kontrolę ex-ante postępowań przetargowych (w przypadku przetargów realizowanych w oparciu o PRAG, kontrola ex-ante jest realizowana w formie zatwierdzania przez SUZ poszczególnych etapów postępowania);
  
  
• monitorowanie i ocenę przebiegu wdrażania Funduszu Spójności w sektorze transportu w oparciu o raporty i wizyty sprawdzające na miejscu realizacji projektu.

W ramach Ministerstwa, nadzór nad realizacją zadań Instytucji Pośredniczącej w zarządzaniu pełni Podsekretarz Stanu w Ministerstwie Transportu i Budownictwa.