Sektor środowiska
W sektorze środowiska jednostki samorządu terytorialnego (JST), są jednocześnie Podmiotami odpowiedzialnymi za realizację oraz beneficjentami pomocy z Funduszu Spójności. Jeżeli projekt dotyczy więcej niż jednej JST mogą to być związki gmin. Podmiotem odpowiedzialnym za realizację może być także inny podmiot niż JST np. komunalna spółka prawa handlowego. Podstawowymi zadaniami Podmiotu odpowiedzialnego za realizację w sektorze środowiska jest: przeprowadzanie przetargów, prowadzenie księgowości projektu, realizacja inwestycji oraz dokonywanie płatności na rzecz wykonawców, zgodnie z zasadami i warunkami określonymi w rozporządzeniach oraz Decyzji Komisji Europejskiej.

Sektor transportu
W sektorze transportu Podmiotami odpowiedzialnym za realizację są Generalna Dyrekcja Dróg Krajowych i Autostrad (GDDKiA) i PKP Polskie Linie Kolejowe S.A. (PKP PLK S.A.).  Instytucje te są również beneficjentami wszystkich projektów. Jednostki te są odpowiedzialne za przygotowanie projektów, przeprowadzanie przetargów i podpisywanie  kontraktów z wykonawcami. Podstawowymi zadaniami GDDKiA oraz PKP PLK S.A. są również dokonywanie płatności na rzecz wykonawców, prowadzenie księgowości projektu, przedkładanie wniosków o refundację do sektorowej instytucji zarządzającej oraz odzyskiwanie dokonanych nienależnych płatności od wykonawcy.