Sektor środowiska
Odbiorcami pomocy tj. beneficjentami w sektorze środowiska mogą być jednostki samorządu terytorialnego, związki jednostek samorządu terytorialnego, komunalne spółki prawa handlowego oraz inne podmioty publiczne (np. Regionalne Zarządy Gospodarki Wodnej, spółki Skarbu Państwa) lub prywatne.

Zgodnie z podstawowymi kryteriami wyboru projektów w sektorze ochrony środowiska zapisanymi w  Strategii wykorzystania Funduszu Spójności na lata 2004-2006 beneficjentem Fundusz Spójności powinien być w pierwszym rzędzie samorząd terytorialny, związek gmin, przedsiębiorstwo komunalne lub inny podmiot publiczny.

Sektor transportu
W sektorze transportu liczba beneficjentów została określona na poziome Strategii wykorzystania Funduszu Spójności na lata 2004-2006. Podmiotami odpowiedzialnymi za realizację i jednocześnie beneficjentami Funduszu Spójności są Generalna Dyrekcja Dróg Krajowych i Autostrad - GDDKiA (sektor transportu drogowego) oraz PKP Polskie Linie Kolejowe S.A – PKP PLK S.A. (sektor transportu kolejowego). Wynika to z charakteru priorytetowych inwestycji w latach 2004-2006, za które są ustawowo odpowiedzialne GDDKiA (w zakresie zarządzania siecią autostrad, dróg ekspresowych i dróg krajowych) oraz PKP PLK S.A. (w zakresie zarządzania infrastrukturą kolejową).