Sektor środowiska
Wniosek wstępny zw. kartą potencjalnego przedsięwzięcia należy złożyć do właściwego dla miejsca realizacji projektu wojewódzkiego funduszu ochrony środowiska i gospodarki wodnej.

Sektor transportu
Generalna Dyrekcja Dróg Krajowych i Autostrad oraz PKP Polskie Linie Kolejowe S.A. składają wnioski o dofinansowanie z Funduszu Spójności do Ministerstwa Infrastruktury.